Оказывается, с файлами SQLite можно работать прямо из емакса:
M-x sql-sqlite
Надо будет указать путь к файлу (либо создать его), затем уже можно работать :)
Правда, я пока не понял, как правильно выходить из этого буфера, поэтому пока что прописываю .exit (процесс завершается со статусом 1), затем убиваю буфер через C-x k.